Sau những sự cố ở phần trước, Bayonetta lúc này đang thong thả mua sắm thì vô tình gặp lại Jeanne, và rồi cả hai bị kéo vào một rắc rối mới, qua đó hé lộ sự thật bất ngờ về quá khứ của Bayonetta
Xem thêm: Cốt truyện Bayonetta - Hành trình tìm lại quá khứ
Bayonetta 2, hậu bản của tựa game Bayonetta đã gây được nhiều tiếng vang khi ra mắt vào năm 2009, được Platinum Games phát hành độc quyền trên Wii U vào tháng 9 năm 2014. Lần này, đạo diễn Hideki Kamiya quyết định chuyển sang vai trò giám sát dự án, và nhường lại ghế đạo diễn game cho Yusuke Hashimoto, một nhà sản xuất của phần game gốc. Câu chuyện của Bayonetta 2 diễn ra vài tháng sau những sự kiện trong phần game trước, khi cả thành phố đang bước vào giai đoạn lễ Giáng sinh.
Bayonetta lúc này cũng đang bận rộn đi mua sắm với Enzo, và vô tình gặp lại Jeanne. Nhưng cuộc hội ngộ này nhanh chóng bị gián đoạn bởi một nhóm thiên thần phá đám, buộc Bayonetta phải lao vào chiến đấu. Cuối cùng, sau khi nhận được một bộ súng mới từ Rodin và phối hợp với Jeanne để hạ gục Belief, mọi thứ trở nên tệ hơn khi con quỷ rồng Gomorrah thoát ra từ cánh cổng triệu hồi nó, tấn công Jeanne và khiến linh hồn của cô bị kéo xuống Inferno theo như một phần trong khế ước.
Gomorrah
Mặc dù đã đánh bại Gomorrah, Bayonetta không thể làm gì với bạn mình. Ở quán bar The Gates of Hell, Bayonetta nói răằng cô muốn giải cứu bạn mình khỏi Inferno, bất chấp Rodin can ngăn và nói rằng điều đó chẳng có lợi gì cho cô cả. Ngoài ra, anh cũng nói rằng Bayonetta chỉ có một thời gian giới hạn để cứu Jeanne, trước khi cô mắc kẹt vĩnh viễn ở địa ngục, và nói thêm về việc bảo quản cơ thể của Jeanne.
Bayonetta biết được rằng việc hợp nhất linh hồn của Jeanne với chiếc đồng hồ Umbran Watch, nguồn gốc của đời sống vĩnh hằng cho một Umbra Witch là cách duy nhất để thoát khỏi đó. Ghi nhớ điều này, Bayonetta túm lấy Enzo và buộc anh đưa cô tới ngọn núi thiêng Fimbulventr, nơi duy nhấ trên Trái Đất được cho là kết nối cõi của con người với cả Inferno và Paradiso. Enzo cũng nói thêm rằng cánh cổng dẫn đến địa ngục, Cổng Địa Ngục đích thực, được ẩn giấu nơi đó, và nằm xa đến mức con người chưa bao giờ khám phá ra. Bayonetta đi tới thành phố dưới chân núi, Noatun, để tìm lối vào địa ngục và giải cứu Jeanne.
Ngọn núi Fimbulventr
Tại đây, cô gặp một cậu nhóc bí ẩn trong Purgatorio tên Loki, và cậu tỏ ra khá bất ngờ khi biết cô có thể nhìn thấy, tương tác với mình. Loki đang bị các thiên thần truy đuổi, dường như chúng không muốn cho cậu leo lên ngọn núi. Nhận thấy cả hai đều có chung mục tiêu, Loki đưa ra thỏa thuận với Bayonetta để hai người đều có thể leo lên Fimbulventr, và giải thích rằng cô sẽ cần sức mạnh của cậu để đặt chân vào bên trong.
Luka cũng xuất hiện ở Noatun không lâu sau đó, đề nghị tìm thêm bất kì thông tin bổ sung nào có thể giúp Bayonetta đi vào địa ngục. Hành trình leo núi gặp khá nhiều gian nan do sự cản trở từ cả thiên thần và ác quỷ, ngoài ra Bayonetta cũng phải đối mặt với một Lumen Sage. Cuối cùng, Bayonetta và Loki đều đến được cổng địa ngục, nhưng bị ngăn cản bởi Masked Lumen và Loptr, một thực thể bí ẩn dường như hiểu Loki khá rõ. Không thể ngăn cản Sage tấn công Loki, Bayonetta cố gắng đối đầu với Loptr trước khi nó đẩy lùi cô. Nó khuyến khích cô "nhìn" với sức mạnh của Left Eye, và cho cô thấy một viễn cảnh quá khứ thông qua Remembrance of Time.
Bayonetta đấu với một Lumen Sage
Bayonetta đã bị sốc khi phát hiện ra cha của cô không phải là người gây ra sự kiện Witch Hunts, và ông đã cố cứu mẹ cô trước khi bị bắt đi. Cô cũng nhìn thấy một hình ảnh giống như Loki là kẻ sát nhân. Khi Loptr giải thích rằng đây thực sự là những gì đã xảy ra, Masked Lumen đang chuẩn bị hạ gục Loki. Cậu nhóc ném những thẻ bài của mình vào cánh cổng, và nói Bayonetta nhảy cùng cậu để thoát thân. Cô làm theo, để rồi thức dậy và nhìn thấy mình đang ở trong địa ngục.
Nhận ra còn rất ít thời gian để cứu Jeanne, cô cố gắng tiến vào sâu bên trong. Cuối cùng Bayonetta gặp được Demoness Alraune bên trong dinh thự của cô ta, phát hiện ra cô ta chính là người đã chiếm đoạt linh hồn của Jeanne để có thể trở nên mạnh mẽ hơn. Nhận ra Bayonettaa là một Umbra Witch, và cô có một khế ước với Madama Butterfly, Alraune điên cuồng tấn công nhưng không là gì so với sức mạnh của Bayonetta. Trước khi nữ phù thủy ra đòn cuối cùng, Rodin chen ngang và phong ấn Alraune trong một món vũ khí mới.
Nữ quỷ Alraune
Bayonetta cuối cùng đã cứu được linh hồn của Jeanne và tái hợp nó với cái đồng hồ. Ban đầu khi bạn cô không thức dậy, Bayonetta tỏ ra hoang mang và không ngừng cầu xin cô mở mắt ra. Cuối cùng Jeanne cũng thức dậy khiến Bayonetta mừng rỡ, rồi trở về với cơ thể của mình. Khi rời đi, Jeanne cảnh báo Bayonetta về một thứ gì đó to lớn sắp xảy ra với thế giới này. Nhiệm vụ hoàn thành, Bayonetta quay sang chú ý tới Loki, cậu nhóc đang không ngừng bị tấn công bởi Masked Lumen.
Quyết tâm phục thù một lần nữa, Masked Lumen xé toạc mặt nạ và lộ diện bản thân là Balder trẻ tuổi. Ngay khi hắn có được cơ hội, Loki lại đột ngột biến mất, phóng ra một luồng sóng năng lượng xanh không thể kiểm soát, quét qua Balder và Bayonetta. Khi tỉnh lại, Bayonetta nhận ra mình đang ở Vigrid quá khứ 500 năm trước, ngay trong sự kiện Witch Hunts. Thậm chí, cô còn gặp lại mẹ mình, Rosa, và cả hai cùng nhau chống trả vô số các thiên thần đang quyết tâm phá hủy ngôi đền của họ.
Bayonetta và Balder trở về Vigrid 500 năm trước
Trong lúc hỗ trợ mẹ cô chiến đấu bằng cả sức mạnh và Umbran Armour, Bayonetta gặp phiên bản trẻ tuổi của Loptr, có ngoại hình cực giống Loki. Nhờ đó, cô nhận ra mẹ mình bị Loptr sát hại chứ không phải Loki, và cô bị thổi bay đến Cresent Valley trong một vụ nổ. Balder, người bị gởi ngược về quá khứ cùng với Bayonetta, bước vào ngôi đền đúng lúc Loptr vừa ra tay hạ sát Rosa. Bayonetta đoán ra Loptr mới là kẻ mà Balder phải trả thù, thay vì Loki. Cô mở cánh cổng quay về thực tại, và cầu xin cha cô đi theo mình, thì thầm lời cuối để từ biệt Rosa. Ở thời hiện đại, Loki đã thoát khỏi địa ngục nhờ sức mạnh của mình, và được Luka tìm thấy.
Cậu bắt anh chàng phóng viên dẫn mình đến ngọn núi, để rồi nhớ ra bản thân mình là ai, và mục đích sau cùng của cậu trong việc ngăn chặn cái ác. Loptr xuất hiện ngay sau đó và tóm gọn cả hai. Trong lúc này, với sự giúp đỡ của Jeanne và một chiếc máy bay chiến đấu, Bayonetta và Balder leo lên đỉnh núi Fimbulventr, chứng kiến Loptr đang bắt giữ Loki. Loptr giải thích rằng hắn và Loki vốn là hai nửa của một linh hồn từng là Vị thần Hỗn Mang, Aesir. Phần tốt của Aesir, mà sau này trở thành Loki, đã quyết định tách linh hồn của mình ra khi chia đôi sức mạnh vào Eyes of the World nhằm duy trì sự cân bằng.
Aesir - Vị thần Hỗn Mang
Loki được trao cho sức mạnh Sovereign, thứ sức mạnh để kiểm soát Đôi Mắt, còn Loptr, một nửa ác quỷ của Aesir, được trao cho sức mạnh Prophetic và khả năng quan sát lịch sử thông qua Remembrance of Time. 500 năm trước, Loptr từng quyết định sử dụng Đôi Mắt để khôi phục sức mạnh của Aesir nhằm thống trị toàn cõi. Nhưng Loki đã thoát tới tương lai khi nhận ra Loptr sẽ cần sức mạnh của mình, vô tình đánh mất trí nhớ trong quá trình đó.
Loptr sẽ phải chờ để tìm "một nửa tốt hơn" của mình lần nữa nhằm có được sức mạnh chiếm đoạt Đôi Mắt, và quyết định mang Balder trẻ tuổi đến thời hiện đại vì bản thân hắn đã già và chết đi cùng với Right Eye sau khi Bayonetta đánh bại Jubileus. Loptr không quá khó khăn để lấy Right Eye từ Balder. Bayonetta chống trả khá quyết liệt, nhưng cuối cùng cũng phải chịu thua và mất Left Eye vào tay Balder. Với việc có được sức mạnh nguyên thủy, Loptr biến thành Aesir, chế giễu sự tự do của nhân loại, và khẳng định hắn là kẻ thống trị duy nhất trong cõi hỗn mang của loài người.
Loptr - Phần ác của thần Aesir
Trong lúc Bayonetta và Balder cùng nhau chiến đấu chống lại Aesir, Loki nhớ về sức mạnh ẩn giấu của mình bên cạnh khả năng điều khiển Đôi Mắt. Khẳng định sức mạnh thực sự của Aesir là trên cả "hư vô" và khả năng xóa sổ bất kì thứ gì hắn muốn khỏi thế giới, Loki dùng sức mạnh đó để hủy diệt Đôi Mắt, khiến Loptr yếu đi, buộc phải trở lại nguyên trạng. Bayonetta và Balder sau đó đã cùng thực hiện phép triệu hồi tạo nên một sự kết hợp giữa Jubileus và Nữ hoàng Sheba. Thực thể lai này đá văng Loptr xuống biển, nơi một con Gomorrah do Jeanne triệu hồi nằm chờ sẵn và nuốt chửng hắn.
Khi linh hồn của Loptr tìm cách thoát khỏi cõi linh hồn để tái sinh ở một nơi nào khác, Balder ngăn cản và hấp thụ hắn, bất chấp lời cảnh báo từ Loki rằng Loptr sẽ tha hóa ông nếu hắn còn tồn tại bên trong. Balder sẵn sàng hi sinh để cho thấy sức mạnh của ý chí con người, và tiết lộ rằng ông đã biết Bayonetta là Cereza ngay từ đầu. Balder buộc Bayonetta hứa rằng cô sẽ là người ngăn cản ông nếu ông bị sức ảnh hưởng của Loptr tha hóa, và cô cũng chấp nhận lời đề nghị gọi ông là "Cha" một lần nữa. Sau khi ông trở về dòng thời gian của mình, Bayonetta đã khóc vì cuối cùng cũng nhận ra cha mình không hề có lỗi.
Loki hoàn thành vai trò của mình
Loki, nay đã hoàn thành những gì cần làm và khôi phục lại sự cân bằng của thế giới với việc phá hủy Đôi Mắt, bắt đầu tan biến đi. Bayonetta hỏi rằng liệu cô có còn gặp lại cậu nữa hay không, Loki nói có thể trong tương lai họ sẽ gặp nhau, khi cậu tái sinh lần nữa. Nhiều ngày đã trôi qua sau các sự kiện ở núi Fimbulventr, và cả Bayonetta với Jeanne đều đang tận hưởng một kì mua sắm khác trong đợt khuyến mãi sau lễ.
Khi hai người đang đứng xem Luka giúp Rodin quảng bá quán bar của anh, một người phụ nữ đang đẩy theo một đứa bé đi ngang qua, và một trong số những lá bài của Loki bay ra từ chiếc xe đẩy, qua đó khẳng định sự trở lại của cậu sẽ sớm hơn Bayonetta nghĩ. Bayonetta lúc này lại hoàn toàn quên mất Enzo. Enzo trở lại trong một vụ rơi máy bay xuống đường bởi chiếc máy bay anh bị bỏ lại với các thiên thần đang truy đuổi. Mặc dù khá khó chịu khi bị phá hỏng cái váy thứ hai trong một tháng, Bayonetta nhảy lên cánh máy bay với Jeanne để tiếp tục đánh nhau với những kẻ phá bĩnh như mọi khi.