Trong thế giới Naruto, có rất nhiều khoảnh khắc xung đột nguy hiểm đặc biệt là trong thời đại chiến tranh.
Và tất nhiên cũng có rất nhiều khoảnh khắc cho thấy mặt tối của thế giới Naruto, để biết rằng nó không hề yên bình như vẻ bề ngoài.
1. Trẻ em được đào tạo trở thành sát thủ
Trước thời đại các làng ninja được thành lập, chiến tranh giữa các gia tộc đã có sự tham gia của trẻ em. Phải đến khi hệ thống làng được hình thành, điều này mới được cải thiện.
Mặc dù Hokage đệ nhị Tobirama đã tạo ra một hệ thống Học viện Ninja, cho trẻ em nhận được sự đào tạo và giáo dục, nhưng kết quả cuối cùng thì vẫn không quá khả quan. Bởi vì những đứa trẻ được đào tạo để trở thành sát thủ ninja.
Sau này, quyền lợi được cải thiện tốt hơn ở thời đại của Naruto. Chúng có thể tùy chọn trở thành ninja và có thể được huấn luyện trước khi có các cuộc xung đột.
2. Kỳ thi Chuunin có thể khiến tính mạng trẻ em gặp nguy hiểm
Ở thời đại Boruto, các kỳ thi Chuunin đã trở nên nhẹ nhàng hơn, thậm chí còn có những quy định khắt khe để bảo vệ an toàn cho những người tham gia.
Nhưng trong thời đại Naruto, kỳ thi Chuunin là nơi những đứa trẻ từ 10 tuổi trở lên có thể gặp nguy hiểm tính mạng bất cứ lúc nào. Để trở thành một Chuunin cần phải có khả năng đưa ra quyết định trong tình trạng sinh tử, điều đó khiến bài kiểm tra thực sự đặt đám nhóc vào tình thế nguy hiểm.
3. Thí nghiệm trên người vẫn phổ biến
Trong thời đại chiến tranh nhẫn giả, con người bình thường khó có thể chung sống hòa bình trong thế giới Naruto. Lý do là có một số ninja mạnh, ví dụ như Orochimaru đã tiến hành thí nghiệm trên con người. Tất nhiên những thí nghiệm trên người là không được phép, nhưng nó vẫn xảy ra trong bóng tối và có nhiều người đã phải bỏ mạng.
4. Tội nặng không bị trừng trị nặng
Điều này nghe có vẻ hơi vô lý nhưng nó thật sự đang tồn tại trong thế giới nhẫn giả. Tiếc thay những kẻ phạm tội nặng lại không bị trừng trị nghiêm khắc.
Có thể những kẻ xấu này đã biết "quay đầu" hướng thiện, trở nên tốt bụng và giúp đỡ liên minh nhẫn giả trong chiến tranh, nhưng điều đó không thay đổi được sự thật rằng họ là tội phạm nghiêm trọng và đã gây ra vô số tội ác tày trời.
Chẳng hạn như trường hợp của Orochimaru - kẻ đã cướp đi sinh mạng của rất nhiều người, hay Kabuto - kẻ đã gây ra Đại chiến Thế giới Ninja lần thứ tư khiến sinh linh đồ thán. Vậy mà bây giờ cả hai chỉ bị giam lỏng và vẫn được làm việc mình muốn.
5. Các cuộc tàn sát của một gia tộc thường xuyên xảy ra
Tận diệt cả một gia tộc với bao nhiêu con người là một quyết định khủng khiếp, khiến nhiều người phải mất mạng vô cớ. Ấy vậy mà điều này vẫn diễn ra thường xuyên trong thế giới Naruto. Điển hình có thể kể đến như các vụ thảm sát tộc Uzumaki, Uchiha, Kaguya.
6. Có nhiều sự phân biệt đối xử và bắt nạt
Phân biệt đối xử và bắt nạt vẫn là một trong những vấn đề nhức nhối trong thế giới Naruto ngay từ khi bắt đầu câu chuyện. Đến ngay cả nhân vật chính Uzumaki Naruto cũng phải trải qua 1 tuổi thơ bất hạnh, cô độc khi bị dân làng tẩy chay chỉ vì mang trong mình phong ấn Cửu Vĩ. Hay như câu chuyện đau lòng về Hatake Sakumo - cha của Kakashi. Rồi đến những câu chuyện thương tâm về các gia tộc sở hữu Huyết kế giới hạn đặc biệt, như gia tộc của Haku.
7. Người đứng đầu làng và các trưởng lão lại là nguyên nhân của mọi vấn đề
Những người đứng đầu làng, đặc biệt là các làng lớn đứng đầu hệ thống ninja lại là những kẻ cầm quyền đẩy nhiều người vào cảnh khốn cùng, hay đưa ra những quyết định sai lầm khiến dân làng gặp bất hạnh.
Nguyên nhân vì các trưởng làng thời xưa thường có mưu đồ riêng, nên đã tạo ra những xung đột không cần thiết, hoặc không nhanh chóng đưa ra những quyết định hòa bình, khiến vấn đề hoặc xung đột xảy ra.
Lấy ví dụ thì có thể nhắc đến trường hợp thảm sát gia tộc Uchiha. Mặc dù Danzo là kẻ chủ mưu trong vụ thảm sát gia tộc Uchiha, nhưng sai lầm lại của Hokage đệ tam. Hiruzen đã quá chậm chạp trong việc đưa ra quyết định, để rồi vụ việc đáng tiếc với gia tộc Uchiha vẫn xảy ra.